Enseñar grandes datos a futuros científicos significa hacerles pensar creativamente sobre formas de aprovechar los terabytes de información disponible para ellos. Con ese fin, la bióloga de sistemas Trey Ideker usó su curso de posgrado de Biología y Biomedicina de la Facultad de Medicina de la UC San Diego para organizar unLa competencia en el aula asigna a los estudiantes la detección de genes asociados con la esquizofrenia. La técnica ganadora fue rápida, flexible y superó los métodos publicados anteriormente. Los detalles aparecen el 24 de abril en la revista Sistemas celulares .
"El desafío fue interesante porque normalmente intentas responder directamente a un problema con la solución más obvia y menos riesgosa", dice Yue Qin, un estudiante de doctorado de segundo año en el programa de Bioinformática y Biología de Sistemas en UC San Diego, y cuyo grupoganó el desafío. "Pero debido a que teníamos varios grupos trabajando en el mismo problema, podríamos tomar riesgos creativos y explorar las técnicas actuales disponibles de una manera que no lo haría bajo condiciones normales de investigación".
La competencia involucró a diez grupos de dos a tres estudiantes que utilizan bases de código de código abierto para identificar redes de genes asociadas con la esquizofrenia. Casi la mitad de la clase siguió una tubería que describió los pasos necesarios para completar el análisis, haciendo pequeños ajustes en el camino,mientras que la otra mitad, aunque todavía sigue la misma tubería, divergió más drásticamente del formato proporcionado.
"Puede ser que cada vez que tengas personas en grupos, vas a encontrar un modo dominante y luego la diversidad real estará en la cola de esa distribución", dice Ideker @TreyIdeker, elDirector del Recurso Nacional de Biología de Red.
Señala que aunque el método del grupo de Qin funcionó mejor, otros enfoques pueden haber tenido un éxito similar si los estudiantes hubieran tenido más tiempo para perfeccionar sus técnicas. "No se puede salir de la limitación de tiempo y se siente agudamentea través del curso ", dice.
En general, Ideker recomienda este estilo de curso a sus colegas, y sus estudiantes lo ven como una oportunidad de aprendizaje efectiva. "Como estudiante graduado, todo lo que quiere es trabajar en un nuevo proyecto de investigación y aplicar la información que ha estado aprendiendo", dice Isaac Shamie, un estudiante de doctorado de tercer año en Bioinformática y Biología de Sistemas que es el asistente de enseñanza para el segundo semestre de la clase." Y esta clase fue una oportunidad para hacer precisamente eso ".
Un segundo artículo que describe los hallazgos del equipo ganador fue publicado en la revista iScience . El método, conocido como Network Assisted Genomic Association NAGA, recuperó 33 genes de esquizofrenia conocidos en el top 100, ejecutó el análisis en menos de cinco minutos y superó los enfoques publicados anteriormente, escriben los autores. Además, al utilizaruna base de código abierto de redes de proteínas, la técnica no solo es accesible, sino que también puede incorporar asociaciones de genes actualizadas.
"Este resultado fue exactamente lo que esperaba; los estudiantes obtienen un título más alto para hacer ciencias y comenzar su carrera como investigador, y esta clase les permite hacer eso", dice Ideker. "Estoy emocionado deenseñar la clase nuevamente este año "
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por prensa celular . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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