Investigadores del Instituto Europeo de Bioinformática de EMBL y del Instituto Wellcome Sanger han identificado casi 2000 especies bacterianas que viven en el intestino humano. Estas especies aún no se han cultivado en el laboratorio. El equipo utilizó una variedad de métodos computacionales para analizar muestras de individuos de todo el mundo.
Los resultados, publicados en la revista Naturaleza , resalte que aunque los investigadores posiblemente se estén acercando a la creación de una lista completa de los microbios que se encuentran comúnmente en el intestino de América del Norte y Europa, existe una falta significativa de datos de otras regiones del mundo.
El intestino humano es el hogar de muchas especies de microbios, denominados colectivamente microbiota intestinal. A pesar de los extensos estudios en el campo, los investigadores todavía están trabajando para identificar las especies microbianas individuales que viven en nuestros intestinos y comprender qué funciones desempeñan ensalud humana.
'Reconstrucción' de bacterias
Hay muchas razones por las que algunas especies microbianas que forman parte de la microbiota intestinal han permanecido desconocidas durante tanto tiempo, como una baja abundancia en el intestino o la incapacidad de sobrevivir fuera de él. Mediante el uso de métodos computacionales, los investigadores pudieron reconstruirlos genomas de estas bacterias.
"Los métodos computacionales nos permiten comprender las bacterias que aún no podemos cultivar en el laboratorio. Usar la metagenómica para reconstruir los genomas bacterianos es un poco como reconstruir cientos de rompecabezas después de mezclar todas las piezas, sin saber qué aspecto debe tener la imagen final", dice Rob Finn, líder de grupo en EMBL-EBI." Los investigadores están ahora en una etapa en la que pueden usar una variedad de herramientas computacionales para complementary, a veces, guiar el trabajo de laboratorio para descubrir nuevos conocimientos sobre el intestino humano ".
diversidad geográfica
La investigación destacó cómo la composición de las bacterias intestinales difiere en todo el mundo y lo importante que es que las muestras que estudiamos reflejen esta diversidad.
"Estamos viendo muchas de las mismas especies bacterianas surgir en los datos de las poblaciones europeas y norteamericanas", continúa Finn. "Sin embargo, los pocos conjuntos de datos sudamericanos y africanos a los que tuvimos acceso para este estudio revelaron una diversidad significativa nopresente en las poblaciones anteriores. Esto sugiere que la recopilación de datos de poblaciones subrepresentadas es esencial si queremos lograr una imagen realmente completa de la composición del intestino humano ".
Plano del intestino humano
"Los métodos computacionales nos permiten tener una idea de las muchas especies bacterianas que viven en el intestino humano, cómo evolucionaron y qué tipo de roles pueden desempeñar dentro de su comunidad microbiana", dice Alexandre Almeida, becario postdoctoral en EMBL-EBIy el Instituto Wellcome Sanger ". En este estudio, aprovechamos las bases de datos públicas más completas de bacterias gastrointestinales para identificar especies bacterianas que no se han visto antes. Los métodos de análisis que usamos son altamente reproducibles y se pueden aplicar a conjuntos de datos más grandes y diversosen el futuro, lo que permitirá un mayor descubrimiento ".
"Investigaciones como esta nos están ayudando a crear un llamado modelo del intestino humano, que en el futuro podría ayudarnos a comprender mejor la salud y las enfermedades humanas e incluso podría orientar el diagnóstico y el tratamiento de enfermedades gastrointestinales", concluye Trevor Lawley.Líder de grupo en el Wellcome Sanger Institute.
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Materiales proporcionado por Laboratorio Europeo de Biología Molecular - Instituto Europeo de Bioinformática . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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