Para el biólogo moderno, los estudios de OMIC a gran escala, que mapean todos los genes, proteínas, ARN y más que subyacen en un sistema biológico, son herramientas estándar del comercio. Pero interpretar estos resultados de grandes datos para generar significativosla información está lejos de ser rutinaria: el análisis de los resultados requiere herramientas sofisticadas y científicos computacionales altamente capacitados. Estos esfuerzos pueden ser costosos e intensivos incluso para los expertos, lo que puede llevar de días a semanas para generar información procesable.
Ahora, los científicos de Sanford Burnham Prebys, el Instituto de Genómica de la Fundación de Investigación Novartis GNF y la Universidad de California en San Diego han revelado un portal de acceso abierto basado en la web que integra más de 40 fuentes de datos de bioinformática avanzada paraPermitir a los usuarios no técnicos generar información con un solo clic. Llamada Metascape, esta herramienta elimina las barreras del análisis de datos, lo que permite a los investigadores dedicar más tiempo a preguntas biológicas importantes y menos tiempo a la hora de crear y resolver un flujo de trabajo de análisis de datos. La plataforma se describió hoy en Comunicaciones de la naturaleza .
"Los biólogos buscan respuestas a algunas de las enfermedades más devastadoras de la actualidad, desde el cáncer hasta el Alzheimer hasta enfermedades infecciosas, como el VIH o la gripe", dice Sumit Chanda, Ph.D., autor principal del estudio y director deel Programa de Inmunidad y Patogenia en Sanford Burnham Prebys. "Al desarrollar Metascape, esperamos ayudar a los biólogos a comprender mejor sus propios datos para que puedan descubrir información que conduzca a nuevos objetivos de enfermedades, mejores vacunas y nuevos medicamentos para tratar enfermedades desafiantes".
Agrega Yingyao Zhou, Ph.D., primer autor del estudio y director de Ciencia de Datos e Ingeniería de Datos en GNF, "Incluso para los científicos computacionales, compilar y analizar grandes conjuntos de datos de OMIC puede ser una tarea difícil y lenta. Metascapeproporciona a los biólogos una plataforma desde la cual pueden acceder al poder de numerosas herramientas de análisis, todo dentro de una interfaz simple y generar un informe fácil de interpretar ".
En el documento, los investigadores detallan las características y capacidades de Metascape usando tres pantallas genéticas de gripe publicadas previamente que buscaban encontrar factores involucrados en la replicación viral. En su flujo de trabajo, Metascape integra y analiza información de más de 40 populares, abiertos-acceder a bases de datos que abarcan 10 organismos modelo comunes para producir un informe fácil de interpretar en aproximadamente un minuto los conjuntos de datos más grandes pueden requerir más tiempo.
"Metascape ya ha facilitado el análisis e interpretación de grandes conjuntos de datos de OMIC en más de 330 estudios científicos publicados. Debido a su facilidad de uso, esperamos que pronto se convierta en una plataforma indispensable que ayudará a los científicos a descifrar resultados críticos en la erade big data ", agrega Lars Pache, Ph.D., autor del estudio y profesor asistente de investigación en Sanford Burnham Prebys.
Se demostraron opciones para el análisis básico, que utiliza prácticas de análisis de uso común; o análisis avanzado, que permite el control de configuraciones individuales. Se generó automáticamente una presentación de PowerPoint, documento Excel y herramientas de informes visuales adicionales, facilitando la comunicación de resultados.Para garantizar que los datos de Metascape permanezcan lo más actualizados posible, los investigadores incorporaron un enfoque de dos fases que utiliza un robot que rastrea automáticamente las fuentes de datos, seguido de un control de calidad manual.
Luego, los científicos están recurriendo a la inteligencia artificial para profundizar las ideas que Metascape puede proporcionar ". Al aplicar nuevas herramientas de aprendizaje automático a Metascape, podemos ayudar a los biólogos a descubrir más matices en sus datos que ayudan a los científicos a priorizar aún más la dirección que deseantome su investigación ", dice Zhou.
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Materiales proporcionados por Instituto de descubrimiento médico de Sanford Burnham Prebys . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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