Investigadores de la Facultad de Medicina y el Instituto de Medicina Molecular FIMM de la Universidad de Helsinki han desarrollado un modelo computacional, Combined Essentiality Scoring CES que permite la identificación precisa de genes esenciales en las células cancerosas para el desarrollo del cáncerdrogas
¿Por qué los genes esenciales son importantes en el cáncer?
El cáncer es la principal causa de muerte en todo el mundo. Las células cancerosas crecen más rápido generalmente con la activación de ciertos genes. Las terapias dirigidas tienen como objetivo inhibir estos genes que se activan solo en las células cancerosas y, por lo tanto, minimizar los efectos secundarios en las células normales.
Se ha establecido un examen genético de alto rendimiento para evaluar la importancia de los genes individuales para la supervivencia de las células cancerosas. Tal enfoque permite a los investigadores determinar los llamados puntajes de esencialidad genética para casi todos los genes en una gran variedad de líneas celulares cancerosas.
Sin embargo, los desafíos con la replicabilidad de la esencialidad genética estimada han obstaculizado su uso para el descubrimiento de objetivos farmacológicos.
"shRNA y CRISPR-Cas9 son las dos técnicas comunes utilizadas para realizar el cribado genético de alto rendimiento. A pesar del control de calidad mejorado, los puntajes de esencialidad genética de estas dos técnicas difieren entre sí en las mismas líneas celulares de cáncer", explica Wenyu Wang, primer autor del estudio.
¿Cómo podemos hacerlo mejor?
Para armonizar los datos de detección genética, los investigadores propusieron un método computacional novedoso llamado Combined Essentiality Scoring CES que predice genes esenciales del cáncer utilizando la información de las pantallas shRNA y CRISPR-Cas9 más las características moleculares de las células cancerosas. El equipo demostró que CES podía detectargenes esenciales con mayor precisión que los métodos computacionales existentes. Además, el equipo demostró que dos genes esenciales predichos estaban correlacionados con un mal pronóstico por separado para pacientes con cáncer de mama y leucemia, lo que sugiere su potencial como objetivos farmacológicos.
"Mejorar la puntuación de la esencialidad genética es solo un comienzo. Nuestro próximo objetivo es predecir las interacciones entre medicamentos y objetivos mediante la integración de la sensibilidad a los medicamentos y los perfiles de esencialidad genética. Dados los volúmenes cada vez mayores de conjuntos de datos de detección funcional, esperamos ampliar nuestro conocimiento de las drogasperfiles objetivo que eventualmente beneficiarán el descubrimiento de fármacos en medicina personalizada ", dice el profesor asistente Jing Tang, autor correspondiente del estudio.
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Materiales proporcionado por Universidad de Helsinki . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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