Los cánceres a menudo están formados por muchas células que varían genéticamente entre sí. Estas diferencias genéticas significan que el cáncer puede ser particularmente susceptible o resistente a un tratamiento dado. Como resultado, identificar estas variaciones puede ayudar a los médicos a decidir qué tratamiento es más probableser exitoso para un paciente específico.
Debido a que los métodos clínicos simples para evaluar la variación genética son vulnerables a perder mucha variabilidad de célula a célula, se han desarrollado herramientas informáticas recientes para predecir y caracterizar la diversidad genética dentro de las muestras clínicas de tumores. Sin embargo, no existe una evaluación comparativa común existenteenfoque para determinar los métodos computacionales más precisos.
El estudio, publicado en Biotecnología de la naturaleza , software de código abierto desarrollado que se puede utilizar para juzgar la precisión de las predicciones informáticas y establecer este punto de referencia.
El equipo desarrolló un marco de simulación y un sistema de puntuación para determinar con qué precisión cada algoritmo predijo varias medidas de diversidad genética. Estas incluyeron: la proporción de células cancerosas en la muestra tumoral; el número de grupos genéticamente diferentes de células cancerosas en la muestra tumoral; la proporción de células dentro de cada uno de estos grupos; qué mutaciones genéticas estaban en cada grupo; y la relación genética entre los grupos.
"Nuestro nuevo marco proporciona una base que, con el tiempo, a medida que se ejecuta contra más tumores, se convertirá en una herramienta de evaluación comparativa imparcial, muy necesaria y estándar de oro para evaluar modelos que tienen como objetivo caracterizar la diversidad genética de un tumor", diceautor principal, Maxime Tarabichi, postdoctorado en el Laboratorio de Genómica del Cáncer en el Crick.
Los investigadores se basaron en un software de computadora existente para generar y analizar las 580 predicciones en esta investigación, agregando nuevas funciones al software para crear tumores más realistas. Este software de simulación de tumores y el marco de marcado están disponibles públicamente para que otros investigadores los usenya sea directamente o para ayudar a desarrollar su propio marco de puntuación.
"Las simulaciones por computadora en genómica del cáncer nos están ayudando a desarrollar herramientas más precisas, ya que entendemos dónde funcionan bien estas herramientas y dónde necesitan mejorar", dice el autor Peter Van Loo, líder del grupo en el Laboratorio de Genómica del Cáncer en el Crick ".El desarrollo adicional de estas herramientas, para que coincidan más estrechamente con los tumores de la vida real, en última instancia debería ayudar a los médicos a combinar mejor a los pacientes con medicamentos personalizados.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por El Instituto Francis Crick . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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