El registro arqueológico está plagado de heces, una mina de oro potencial para obtener información sobre la salud y la dieta antiguas, la evolución de parásitos y la ecología y evolución del microbioma. El principal problema para los investigadores es determinar qué heces está bajo examen. Un estudio reciente publicadoen el diario PeerJ , dirigida por Maxime Borry y Christina Warinner del Instituto Max Planck para la Ciencia de la Historia Humana MPI-SHH, presenta "CoproID: un método confiable para inferir fuentes de paleofeces".
El aprendizaje automático permite una clasificación confiable
Después de miles de años, la fuente de un excremento particular puede ser difícil de determinar. Distinguir excrementos humanos y de perros es particularmente difícil: son similares en tamaño y forma, ocurren en los mismos sitios arqueológicos y tienen composiciones similares.Además, los perros estaban en el menú de muchas sociedades antiguas, y nuestros amigos caninos tienden a hurgar en las heces humanas, lo que hace problemáticas las pruebas genéticas simples, ya que dichos análisis pueden devolver el ADN de ambas especies.
Para acceder a las ideas contenidas en paleofeces, los investigadores desarrollaron coproID identificación de coprolito. El método combina el análisis del antiguo ADN del huésped con un software de aprendizaje automático entrenado en los microbiomas dentro de las heces modernas. Aplicación de coproID a los recién secuenciados y previamenteconjuntos de datos publicados, el equipo de investigadores del MPI-SHH, la Universidad de Harvard y la Universidad de Oklahoma pudieron predecir de manera confiable las fuentes de heces antiguas, demostrando que una combinación de ADN del huésped y las distintas colonias de microbios que viven dentro de humanos y perrospermitir que sus heces se distingan con precisión.
La capacidad de clasificación proporciona información sobre la salud digestiva
"Un hallazgo inesperado de nuestro estudio es la constatación de que el registro arqueológico está lleno de excremento de perro", dice la profesora Christina Warinner, autora principal del estudio. Pero Warinner también espera que coproID tenga aplicaciones más amplias, especialmente en los campos de la medicina forense, ecología y ciencias de microbiomas.
La capacidad de identificar con precisión la fuente de las heces arqueológicas permite la investigación directa de los cambios en la estructura y la función del microbioma intestinal humano a lo largo del tiempo, lo que los investigadores esperan que proporcione información sobre las intolerancias alimentarias y una serie de otros problemas en la salud humana."La identificación de los coprolitos humanos debería ser el primer paso para el análisis de microbiomas humanos antiguos", dice el primer autor del estudio, Maxime Borry.
"Con datos adicionales sobre los metagenomas intestinales de los perros rurales no occidentalizados, estaremos en mejores condiciones para clasificar aún más heces de perros antiguos como de hecho caninos, en lugar de 'inciertos'", agrega Borry. Como el catálogode los datos de microbiomas humanos y de perros crece, coproID continuará mejorando sus clasificaciones y ayudará mejor a los investigadores que encuentren paleofeces en una variedad de contextos geográficos e históricos.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Instituto Max Planck para la Ciencia de la Historia Humana . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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