En la célula, las proteínas a menudo interactúan directamente con el ADN para regular e influir en la expresión de los genes. Para que esto suceda, las proteínas deben viajar al núcleo de la célula donde el ADN está fuertemente retorcido y empaquetado como cromatina, que forma el pozo.cromosomas conocidos
Cuando la proteína alcanza su ubicación objetivo, la cromatina se desenrolla para revelar la sección de ADN con la que interactuará la proteína. Esta interacción es obviamente de gran interés para los biólogos, ya que se encuentra en el corazón de múltiples funciones celulares importantes o incluso disfunciones que conducena la enfermedad.
Para estudiar las interacciones proteína-cromatina, los biólogos usan una técnica llamada "inmunoprecipitación de cromatina" ChIP. La idea básica detrás de ChIP es usar un anticuerpo que se dirija a la proteína de unión a la cromatina y luego "derribarla" o precipitarcon la sección capturada de ADN. El ADN que se une a la proteína se identifica a través de la secuenciación, por lo que la técnica generalmente se conoce como "ChIP-seq".
Desde que se inventó en 2007, ChIP-seq se ha convertido en el método más popular para estudiar proteínas asociadas a la cromatina como las histonas y los factores de transcripción. Sin embargo, requiere una larga secuencia de pasos manuales que limitan tanto su rendimiento como su sensibilidad.
Ahora, los científicos dirigidos por Bart Deplancke en el Instituto de Bioingeniería de EPFL han desarrollado un nuevo enfoque para ChIP que promete automatizar y reducir su costo y complejidad. El nuevo método, denominado "FloChIP" utiliza microfluídica, un campo de bioingeniería que EPFL ha ayudadoen desarrollo y en expansión.
La microfluídica implica esencialmente la manipulación precisa de fluidos a través de chips que contienen múltiples canales cuidadosamente diseñados. Debido a que imita la dinámica interna de una célula, esta técnica puede y ya se usa en varios procesos de bioingeniería.
FloChIP implementa microfluídica para agilizar en gran medida el flujo de trabajo de ChIP. En un documento publicado en PNAS , los científicos de EPFL demuestran que FloChIP es altamente modular y puede realizar múltiples ensayos ChIP-seq de forma simultánea y reproducible de forma automatizada. En el documento, los investigadores muestran esto tanto para las marcas de histonas como para los factores de transcripción.
"Gracias a su rentabilidad, rendimiento y aplicabilidad general, creemos que FloChIP se establecerá como un complemento válido para las herramientas existentes para el estudio de la biología de la cromatina y las interacciones proteína-ADN", dice Riccardo Dainese, el primer estudioautor.
"Con esta nueva tecnología, la verdadera automatización de un ensayo difícil como ChIP está al alcance", agrega Deplancke. "Con suerte, esto catalizará un mayor uso de proteínas unidas a la cromatina como indicadores de diagnóstico altamente informativos para una amplia gama de enfermedades, incluyendocáncer."
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Escuela Politécnica Federal de Lausana . Original escrito por Nik Papageorgiou. Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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