Los científicos biomédicos que trabajan con COVID-19 tienen una nueva herramienta para ayudarlos a comprender mejor el virus y sentirse seguros acerca de los modelos estructurales que están utilizando en su investigación.
Wladek Minor, PhD, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Virginia, y otros biólogos estructurales superiores han llevado a un equipo internacional de científicos a investigar las estructuras de proteínas contenidas en el virus, estructuras que son vitales para el desarrollo de tratamientos y vacunas.el equipo ha creado un recurso web http://covid-19.bioreproducibility.org/ que proporciona a los científicos una forma fácil de ver el progreso de la comunidad de biología estructural en esta área.También incluye la evaluación del equipo de la calidad de los modelos individuales y las versiones mejoradas de estas estructuras, cuando sea posible.
"Hemos analizado cuidadosamente los modelos disponibles de proteínas SARS-CoV-2 y presentamos los resultados con el objetivo de ayudar a la amplia comunidad biomédica. Los modelos estructurales son en última instancia la interpretación de los investigadores originales y, a veces, son subóptimos. Es por eso queel segundo par de ojos para validar estructuras importantes es tan crucial ", dijo Minor, del Departamento de Fisiología Molecular y Física Biológica de la UVA." En la mayoría de los casos, solo se podrían sugerir correcciones menores. Sin embargo, en varios casos, las revisiones fueron significativas, especialmenteen el área sensible de los complejos de proteína-ligando que son críticos para la investigación de seguimiento, como el trabajo de descubrimiento de fármacos. La crisis de salud actual exige que todas las estructuras de SARS-CoV-2 sean de la mejor calidad posible ".
Ciencia a la velocidad del rayo
Cuando la amenaza del coronavirus se hizo evidente, los científicos de todo el mundo respondieron a un ritmo sin precedentes para determinar la estructura atómica del virus y sus componentes proteicos.
Los investigadores están utilizando los modelos estructurales resultantes en una variedad de aplicaciones, que van desde el diseño de medicamentos basado en la estructura hasta la planificación de una variedad de experimentos biomédicos. Por esa razón, es esencial que los modelos atómicos sean lo más precisos posible.urgencia de la pandemia, la mayoría de estas estructuras se depositan en el Protein Data Bank PDB, un depósito global de estructuras macromoleculares, antes de su publicación y revisión por pares.
Los miembros del equipo, expertos en validación e interpretación de estructuras, notaron oportunidades para mejorar varios modelos de SARS-CoV-2 utilizando enfoques de refinamiento de vanguardia. Eso los llevó a crear el nuevo recurso web.se actualiza con nuevas estructuras semanalmente, en sincronización con el PDB.
En algunos casos, el equipo ha trabajado con los investigadores que generaron la estructura original para garantizar que el sitio contenga los modelos más precisos. Este equipo tiene una larga experiencia en la corrección de modelos estructurales biomédicamente importantes, por ejemplo, en el campo de los antibióticosresistencia.
"Trabajar en un proyecto impulsado por fuertes colaboraciones internacionales es una enorme oportunidad para científicos más jóvenes, como Ivan Shabalin y Dariusz Brzezinski, quienes indudablemente liderarán otros estudios altamente impactantes en el futuro cercano", dijo Minor.
"Es extremadamente gratificante poder agregar mi experiencia a un proyecto que tiene el potencial de tener un impacto inmenso en la vida de millones de personas", dijo Shabalin.
recurso COVID-19
El equipo ha descrito el nuevo recurso en un artículo de acceso gratuito publicado en el Diario FEBS .
Los colaboradores del proyecto incluyen Alexander Wlodawer, del National Cancer Institute NCI; Zbigniew Dauter, del NCI & Argonne National Laboratory; Shabalin, de UVA; Miroslaw Gilski, de la Universidad A. Mickiewicz AMU y el Instituto de Química Bioorgánica IBCH, Academia de Ciencias de Polonia; Brzezinski, de la Universidad Tecnológica de Poznan e IBCH, Polonia, y UVA; Marcin Kowiel, de IBCH; Bernhard Rupp, de kk Hofkristallamt USA y la Universidad de Medicina de Innsbruck, Austria; y Mariusz Jaskolski de AMU yIBCH.
El trabajo fue apoyado por el Instituto Nacional del Cáncer del Instituto Nacional de Salud de los Institutos Nacionales, Centro de Investigación del Cáncer, otorga R01-GM132595; el Instituto Nacional de Alergias y Enfermedades Infecciosas, contrata HHSN272201700060C; la Agencia Nacional de Intercambio Académico de Polonia, otorga No. PPN/ BEK / 2018/1/00058 / U / 00001 y la Fundación de Ciencia de Austria.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Sistema de salud de la Universidad de Virginia . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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