Se han identificado biomarcadores, que permiten diagnosticar y clasificar las enfermedades en base a análisis de sangre relativamente no invasivos, para varios tipos de cánceres, pero para la mayoría de los cánceres siguen siendo esquivos. Ahora, la investigación realizada en el Centro RIKEN para Tecnologías de Ciencias de la Vida CLST en Japón y el Instituto de Investigación Médica Harry Perkins en Australia ha identificado una gran cantidad de genes que están regulados positivamente en muchos tipos diferentes de cáncer, abriendo la puerta para desarrollar pruebas de biomarcadores que podrían usarse para detectar cánceres temprano, lo que permite la prontatratamiento.
El estudio, publicado el 9 de noviembre en Cancer Research, utilizó dos tecnologías diferentes. Primero, el equipo analizó los datos generados por la tecnología CAGE que se desarrolló en RIKEN como parte del proyecto FANTOM. Examinaron los perfiles de expresión de ARN de 225líneas celulares de cáncer y 339 células normales, y buscaron diferencias en la expresión génica. Luego complementaron esto al observar los datos de secuenciación de ARN de 4,055 tumores primarios y 563 tejidos sanos de la base de datos del Atlas del Genoma del Cáncer TCGA, y cruzaron los dos para identificarcambios que se encontraron en ambos conjuntos de datos.
Según Bogumil Kaczkowski de CLST, el primer autor del artículo, "El uso de los dos conjuntos de datos diferentes nos permitió hacer uso de las fortalezas de cada uno. Los datos TCGA se complican por el hecho de que las muestras de tumores están compuestas de una mezcla de diferentescélulas, mientras que los datos de FANTOM5 CAGE provienen de células cultivadas en cultivo celular donde pueden surgir cambios a partir del proceso de cultivo. Al unir los dos y observar los cambios encontrados en ambos, hemos podido hacer un catálogo sólido ".
Según el trabajo, los investigadores pudieron identificar 128 marcadores que se perturbaron constantemente en ambos conjuntos de datos en una variedad de tipos de tumores. Algunos de ellos, como TOP2A y MKI67, son objetivos bien conocidos como biomarcadores potenciales. Pero graciasSegún los datos de FANTOM5, también pudieron encontrar una serie de nuevos marcadores, incluidos los ARN no codificantes, los ARN derivados de elementos repetitivos y los elementos potenciadores que la tecnología CAGE puede identificar. En particular, descubrieron que un elemento repetitivo poco conocido llamado REP522, fue regulado al alza en muchos tipos de cáncer.
Según Piero Carninci, uno de los líderes del consorcio FANTOM5 y autor del artículo, "El estudio muestra que nuestra tecnología CAGE Cap-Analysis Gene Expression es una herramienta poderosa para el descubrimiento de marcadores de cáncer a nivel promotor.Encontramos cientos de promotores, partes del genoma que inician la expresión de un gen, que están regulados positivamente en el cáncer y, en particular, los promotores que se superponen con elementos repetitivos en el genoma parecen estar regulados de manera positiva.desarrollo del cáncer. Estamos especialmente interesados en el elemento REP522 y nos gustaría determinar qué papel desempeña ".
Carninci continúa: "Es muy gratificante ver que nuestro enfoque científico básico para mapear y comprender los elementos reguladores del genoma se puede traducir en un descubrimiento que puede ayudar al diagnóstico temprano del cáncer. Esperamos que los investigadores usen nuestros hallazgos para identificar marcadores paralos muchos tipos de cáncer que actualmente no tienen marcadores útiles. También puede ser posible atacar los genes que hemos identificado como posibles objetivos farmacológicos. Estos objetivos podrían ayudar a muchos pacientes con cáncer, ya que están regulados por aumento en muchos tipos diferentes de tumores ".
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Materiales proporcionado por RIKEN . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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