Las tecnologías de secuenciación unicelular están completando detalles finos en el catálogo de la vida. Investigadores del Centro de Salud de la Universidad de Connecticut UConn Health y The Jackson Laboratory JAX han identificado 40 subtipos de células de ganglio retiniano RGC junto conlos marcadores genéticos y los factores de transcripción que los diferencian.
Gracias a los avances recientes en las tecnologías de secuenciación de ARN de una sola célula basadas en gotas, los investigadores ahora pueden aislar células individuales y amplificar su material genético para probar su complemento completo de ARN. Esto permite realizar un censo detallado de las células de un determinadotipo p. ej., RGC, que identifica diferencias moleculares sutiles que constituyen subtipos.
Los RGC transmiten datos visuales desde el ojo al cerebro, y se han identificado previamente 30 subtipos. Utilizando la secuenciación de ARN de una sola célula, el equipo de investigación analizó 6.225 RGC, detectando alrededor de 5.000 genes expresados por célula, desde los ojos izquierdo y derecho deratones recién nacidos. La ejecución de los datos resultantes a través de algoritmos de agrupamiento dio como resultado la clasificación de las células en 40 subtipos.
Ephraim F. Trakhtenberg, Ph.D., del Departamento de Neurociencia de UConn Health dirigió el equipo de investigación, que incluye a Paul Robson, Ph.D., director de biología unicelular de JAX. Su estudio, publicado en Comunicaciones de la naturaleza , proporciona nueva precisión a una gran pregunta en biología: ¿qué constituye un tipo o subtipo de célula?
El sistema nervioso central de los mamíferos es altamente complejo e involucra la interacción de muchos tipos y subtipos neuronales especializados. El equipo de investigación seleccionó los RGC precisamente porque hasta la fecha se han identificado más de sus subtipos en comparación con cualquier otro tipo de células neuronales importantes, y porque otrosSe han estudiado amplias clases de tipos de células de la retina como los fotorreceptores a nivel de una sola célula, cuyo objetivo era dilucidar las diferencias moleculares entre los subtipos RGC y los marcadores exclusivos de estos.
Además de identificar nuevos subtipos de RGC y sus marcadores, los investigadores demuestran la cantidad de variabilidad de la expresión génica entre las células necesarias para diferenciarlos en subtipos, y presentan una jerarquía de una población de tipos de células a subtipos. Los conjuntos de datos para el estudio están disponibles públicamente a través deuna aplicación web de UConn Health fácil de usar, RGC Subtypes Gene Browser.
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Materiales proporcionados por Laboratorio Jackson . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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