¿Un asesino caminó por la habitación? ¿Un tiburón acaba de nadar? ¿Es un hongo venenoso? ¿Qué especies de arrecifes se pierden cuando muere el coral? Estas preguntas pueden responderse rápida y económicamente con base en pequeñas muestras de ADN encontradas enel medio ambiente. Pero la identificación del ADN requiere una biblioteca confiable de secuencias de ADN previamente identificadas para la comparación. Los científicos del Smithsonian y sus colegas analizaron más de 4.7 millones de secuencias de ADN de animales de GenBank, la herramienta más utilizada para este propósito, y descubrieron que los errores de identificación de animales sonsorprendentemente raro, y a veces bastante divertido.
"Queríamos usar GenBank para identificar ADN de muestras de agua oceánica mientras evaluamos la salud de los arrecifes de coral y otros ecosistemas marinos, pero nos preocupaban los informes que cuestionaban la exactitud de los datos allí", dijo Matthieu Leray, postdoctoralmiembro del Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales STRI. "En nuestras comparaciones de secuencias, encontramos menos errores de lo que la gente había predicho, lo cual es una muy buena noticia, porque los programas de monitoreo y los esfuerzos de conservación dependen cada vez más del análisis del ADN ambiental".
La confiabilidad de los datos en GenBank, la biblioteca virtual mantenida por el Centro Nacional de Información Biotecnológica de los Estados Unidos en los Institutos Nacionales de Salud, donde los genetistas depositan secuencias de ADN de todas las criaturas vivientes, ha sido cuestionada en el pasado. Un artículo titulado "PuedeYou Bank on GenBank? "Publicado en Tendencias en ecología y evolución en 2003, se refirió a estudios que mostraban que la mitad de las secuencias de ADN mitocondrial humano contenían errores, y que había diferencias significativas en las secuencias depositadas para las moscas de la fruta. Otro artículo informó que 12 de 51 especies del hongo altamente venenoso, Amanita, estaban mal identificadas.
"Supusimos que encontraríamos muchos errores cuando comenzáramos el estudio", dijo Nancy Knowlton, científica emérita de STRI y del Museo Nacional de Historia Natural del Smithsonian.
"Algunas personas piensan que GenBank es solo un volcado de datos", dijo Leray. "Nadie verifica si los datos se ingresaron correctamente. Los investigadores simplemente cargan sus datos de secuencia y no tienen que depositar una muestra en ningún lugar en particular, así que si hay una pregunta, puede que no haya forma de volver a la fuente para averiguar si una secuencia es correcta. Necesitábamos asegurarnos de que GenBank fuera una buena herramienta para identificar organismos marinos en nuestras muestras, así quedecidimos averiguarlo "
Con colegas de la Academia Sínica y la Universidad George Washington, Leray y Knowlton estimaron la proporción de secuencias con nombres incorrectos de género, familia, orden, clase y filo. En general, menos del 1 por ciento de las secuencias estaban mal etiquetadas. Identificaron ciertos gruposde animales que son particularmente problemáticos y algunas de las posibles fuentes de error, como el etiquetado incorrecto y la contaminación de humanos, roedores, animales de laboratorio, alimentos, mosquitos y mascotas como perros y gatos.
"Por ejemplo, cuando ingresa datos de secuencia, en algún momento hay un menú desplegable que ofrece opciones de diferentes especies", dijo Leray. "Algunas personas evidentemente simplemente hicieron clic en la especie incorrecta, la que está arriba o debajo del nombrede las especies que intentaban ingresar. Esta parte del proceso podría arreglarse para reducir aún más la tasa de error "
La identificación directa de ADN es una forma rápida y de bajo costo de responder muchas preguntas sobre el medio ambiente, y GenBank es una herramienta confiable para identificar la fuente del ADN. Los autores concluyeron: "Nuestros resultados alentadores sugieren que la rápida aceptaciónde los enfoques basados en el ADN está respaldado por una infraestructura bioinformática capaz de evaluar tanto las pérdidas a la biodiversidad causadas por el cambio global como la efectividad de los esfuerzos de conservación destinados a frenar o revertir estas pérdidas "
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Materiales proporcionados por Instituto Smithsonian de Investigaciones Tropicales . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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