Los pacientes quieren ver su información médica. Los investigadores quieren compartir sus datos.
Ahora, los científicos de Scripps Research han lanzado una nueva tecnología diseñada para hacer que estas mediciones sean más fáciles de realizar y más accesibles para los profesionales, los científicos y el público en general.
"Esto se trata realmente de compartir datos y acelerar el proceso de descubrimiento", dice Gary Siuzdak, PhD, profesor de Scripps Research y co-autor correspondiente de la nueva plataforma de análisis de datos abiertos XCMS / METLIN, publicada recientemente en Métodos de la naturaleza .
XCMS-MRM y METLIN-MRM representan una plataforma de análisis basada en la nube que permite a los científicos cuantificar moléculas a partir de muestras biológicas y hacer públicos sus resultados.
"Cuando decimos 'públicamente disponible', lo decimos en serio. Cualquier persona con una computadora tendría acceso", dice Siuzdak.
Dirigido por Siuzdak, el Centro de Metabolómica y Espectrometría de Masas de Scripps Research se especializa en usar una técnica llamada espectrometría de masas para identificar y cuantificar moléculas pequeñas, ya sean medicamentos o metabolitos naturales. Los metabolitos son críticos ya que interactúan con todos los niveles deLa fisiología de una persona: el genoma, el transcriptoma y el proteoma. Se podría decir que los metabolitos son maestros manipuladores de la fisiología y reflejan la firma de salud de un individuo.
Decenas de miles de laboratorios de todo el mundo generan datos utilizando espectrometría de masas, por lo que la plataforma también podría ser útil fuera de la medicina, dicen los primeros autores del estudio Xavier Domingo-Almenara, PhD, y J. Rafael Montenegro-Burke, PhD, de ScrippsInvestigación. Cualquier campo que use espectrometría de masas podría beneficiarse de estos nuevos recursos, como las ciencias ambientales, farmacéuticas, forenses, control de alimentos y medicina deportiva, agregan.
Siuzdak y sus colegas siempre han tratado de mantener sus herramientas de investigación gratuitas y abiertas al público. Paul Benton, PhD, analista de bioinformática de Scripps Research y co-autor correspondiente del estudio, explica que alojar su plataforma en la nube permite que cualquiera, desde colaboradores hasta pacientes, para verificar la validez de los resultados de la espectrometría de masas. "En una época en la que los resultados científicos se cuestionan constantemente, los datos abiertos se han convertido en una parte esencial del proceso de descubrimiento", dice Benton.
La idea de compartir datos abiertos se ha popularizado en los últimos años. Desde su lanzamiento en 2004, la plataforma XCMS / METLIN ha crecido a más de 25,000 usuarios, y las moléculas en su repositorio de datos han saltado de 14,000 a 150,000 en solo el últimoaño, en parte gracias a una colaboración con Calibr, una división de Scripps Research.
Los nuevos recursos aprovechan los avances que permiten a los científicos acelerar la investigación, y aumentar la precisión, al identificar los fragmentos clave de una molécula que la distingue.
"No hay nada más cerca de esto", dice Siuzdak.
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Materiales proporcionado por Instituto de Investigación Scripps . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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