Las diferencias en la diversidad genética entre los patógenos bacterianos se correlacionan con factores clínicamente importantes, como la virulencia y la resistencia a los antimicrobianos, lo que provoca la necesidad de identificar grupos de cepas bacterianas similares. Sin embargo, los enfoques actuales de agrupación y tipificación bacteriana no son adecuados para la vigilancia de patógenos en tiempo realy detección de brotes.
En un estudio publicado hoy en Investigación del genoma , los investigadores desarrollaron PopPUNK Particionamiento de la población usando nucleótidos K -mers, una herramienta computacional para analizar decenas de miles de genomas bacterianos en una sola ejecución, hasta 200 veces más rápido que los métodos anteriores.Utilizando k -mers, secciones cortas de longitud de ADN k , este software permite una estimación rápida de la proporción de k -mers presentes en un genoma que también son compartidos por otro. Diferencias en k el contenido de mer entre genomas puede representar cambios en las bases individuales en tramos de ADN similares o diferencias en el contenido de genes. Al calcular estas relaciones entre aislamientos, se puede estimar eficientemente la estructura de la población de una especie.
Es importante destacar que PopPUNK aplica un método de aprendizaje automático que permite una fácil identificación de cepas emergentes en una población. Usando un conjunto de datos publicado previamente de E. coli los aislamientos recolectados durante un estudio de diez años, PopPUNK pudo clasificar eficientemente la prevalencia de diferentes cepas en la población cada año e identificar la aparición de cepas resistentes a los antibióticos a lo largo del tiempo.
Los investigadores prevén que PopPUNK acelerará la identificación de cepas bacterianas a medida que aumenta la escala de los genomas bacterianos que se secuencian y, lo que es más importante, permitirá que las agencias de salud pública identifiquen rápidamente las cepas de brotes que representan un riesgo para la salud pública.
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Materiales proporcionados por Prensa de laboratorio Cold Spring Harbor . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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