El MinION, un dispositivo portátil de secuenciación de ADN desarrollado por Oxford Nanopore, ha sido probado y evaluado por un consorcio internacional independiente coordinado por el Instituto Europeo de Bioinformática EMBL-EBI de EMBL. El dispositivo innovador abre nuevas posibilidades para utilizar la tecnología de secuenciaciónen el campo, por ejemplo, en el seguimiento de brotes de enfermedades, pruebas de alimentos envasados o el tráfico de especies protegidas.
El MinION funciona mediante la detección de bases de ADN individuales que pasan a través de un nanoporo, y a diferencia de las tecnologías de secuenciación existentes, existen pocos límites de detección inherentes en la longitud de la secuencia de ADN que podría leer de una vez. El dispositivo MinION se puso inicialmente a disposicióna miles de laboratorios en todo el mundo, que se inspiraron para explorar la tecnología y contribuir a su desarrollo a través del Programa de Acceso MinION MAP.
"El Programa de Acceso MinION fue algo brillante. Debido a que el dispositivo pesa solo 100 gramos, Oxford Nanopore podría compartirlo fácilmente con más de 1,000 laboratorios en todo el mundo. Algunas de esas personas son fabricantes que inventaron nuevas herramientas informáticas o técnicas de laboratorio en húmedoeso mejoró el rendimiento de MinION ", dice Mark Akeson, de la Universidad de California Santa Cruz, co-inventor de secuenciación de nanoporos, consultor de Oxford Nanopore y participante de MAP." El dispositivo funciona bien ahora, particularmente para genomas virales y bacterianos.puede enviarlo a cualquier parte y saber que obtendrá el mismo resultado. Estamos ante una democratización de la secuencia en un futuro no muy lejano. Eso está cambiando las cosas para las personas que necesitan resolver problemas críticos en entornos desafiantes., como rastrear cepas de ébola durante el reciente brote en África occidental. Otro entorno desafiante es el espacio: el MinION será el primer secuenciador de ADN probado en el espacio, por la NASA en el International Space Statien."
"Dentro de unos años, las personas que pueden estar a varios pasos de distancia de la investigación genómica básica, como los maestros en un aula, podrían estar usando este dispositivo para enseñar ciencias de formas nuevas y emocionantes que nunca antes habían sido posibles", agregaprimer autor Camilla Ip, de la Universidad de Oxford. "Estoy usando el MinION en un proyecto con estudiantes de secundaria en Oxford porque esta tecnología probablemente formará parte de la vida diaria en unos pocos años y la tomarán porLos niños que están a punto de ir a la universidad y unirse a la fuerza laboral son los que crearán nuevas aplicaciones para teléfonos inteligentes que usan este dispositivo sensor para aplicaciones que aún no hemos imaginado ". Cinco laboratorios en el Reino Unido, Estados Unidos, Canadáy los Países Bajos realizaron dos conjuntos de diez experimentos, para el mismo aislado de E. coli cepa K-12 sub-cepa MG1655, utilizando un único protocolo compartido. La precisión y reproducibilidad de los datos fueron consistentes entre los laboratorios y de buena calidad.Sin embargo, hay mucho trabajo por hacer.ne en la entrega de moléculas a las células de flujo, claridad del protocolo de software y otras áreas.
Los datos generados en el estudio publicado representan una instantánea del desempeño del MinION en abril de 2015. Desde entonces, la innovación en el MinION ha superado el análisis, con nuevos chips y kits lanzados cada 3-6 meses. El documento, que incluye detalles deel protocolo utilizado y el análisis preliminar de los datos generados están disponibles en el canal de análisis de Nanopore en F1000Research. Los datos están alojados en el European Nucleotide Archive ENA.
"Oxford Nanopore ha entusiasmado al mundo con la promesa de una tecnología que puede ser realmente disruptiva", dice David Buck, de la Universidad de Oxford. "Cuando se abrió el Programa de Acceso MinION, parecía que el grupo virtual de I + D más grande jamás creado en genómica -ahora el MAP está abierto a cualquiera. Trabajar con el equipo MARC desde el comienzo del MAP ha sido emocionante: hemos tenido la oportunidad de impulsar la tecnología y ganar algo de tracción para comprender lo que está sucediendo debajo del capó.hemos publicado el documento en F1000Research antes de la revisión por pares como una línea de base para la comunidad, para que todos puedan ver el documento y los datos, y luego hacer sus propios análisis, compartir sus resultados y estimular la discusión ".
"La secuenciación de Nanopore abrirá la puerta para el desarrollo de nuevas herramientas y aplicaciones para analizar la afluencia de nuevos datos", dice Rebecca Lawrence, Directora Gerente de F1000Research. "El canal de análisis de Nanopore en F1000Research será una plataforma central abierta enqué científicos pueden publicar y discutir nuevas aplicaciones y analizar flujos de trabajo para datos de secuenciación de nanoporos. Las personas pueden acceder y contribuir con datos fácilmente, para que la comunidad más amplia de ciencias de la vida pueda aprovechar rápidamente todo el potencial de esta nueva tecnología ".
EMBL-EBI ha estado coordinando la distribución y el análisis de datos para MARC, utilizando el ENA para manejar los datos en bruto ". Este nuevo dispositivo permite la secuenciación totalmente móvil con transmisión de datos en tiempo real, lo que significa que con una conexión a Internet de alta velocidad, el primer conjunto de datos podría llegar 20 minutos después de cargar el ADN ", dice Guy Cochrane, quien dirige la ENA en EMBL-EBI." La ENA es un recurso público que extiende el alcance y la utilidad de la secuenciación, y con nuevas tecnologías como estabrindamos el espacio, la flexibilidad y la experiencia necesarios para probarlo y ponerlo en forma. Estamos encantados de utilizarlo como plataforma para la gestión y el intercambio de datos en MAP, de modo que podamos colocar los resultados en el dominio público rápidamente ".
La siguiente fase de análisis ya está en marcha por el consorcio, que está explorando formas de reducir la tasa de error y presionando para ver qué tan pequeña es la muestra y cuánto pueden durar las lecturas.
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Materiales proporcionado por Instituto Europeo de Bioinformática EMBL-EBI . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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