Los investigadores del Centro Oncológico de la Universidad de Hawai'i desarrollaron un algoritmo computacional para analizar "Big Data" obtenidos de muestras de tumores para comprender y tratar mejor el cáncer.
"Un problema creciente en la investigación del cáncer es averiguar cómo analizar los muchos tipos de datos genómicos de gran tamaño para diferentes tipos de cáncer. La abrumadora cantidad y complejidad de los datos ha creado un cuello de botella de análisis que ha ralentizado la traducción del conocimiento dentro de los datosa la clínica ", dijo Gordon Okimoto, codirector de recursos compartidos de bioestadística e informática en el UH Cancer Center.
"Hemos descubierto una manera de extraer estos datos en beneficio de los pacientes con cáncer".
Okimoto y sus colaboradores desarrollaron un algoritmo computacional llamado Análisis Conjunto de Muchas Matrices por ITeración JAMMIT. JAMMIT utiliza matemáticas avanzadas para identificar diferentes patrones en múltiples tipos de datos moleculares, como la expresión génica y las mutaciones genéticas que, cuando se toman en conjunto, predice con precisión qué tratamientossería mejor para un paciente con cáncer determinado.
"El algoritmo podría acelerar la aprobación de tratamientos potentes para muchos tipos de cáncer, mejorar los resultados clínicos y reducir los costos del tratamiento del cáncer. Creo que este descubrimiento puede abrir un camino hacia ensayos clínicos de medicina de mayor precisión que podrían iniciarse y ejecutarse localmente en Hawai"Yo", dijo Randall Holcombe, director entrante del Centro Oncológico de la UH.
uso de algoritmo en cáncer de hígado y ovario
Los hallazgos publicados en Biodata Mining destacan el análisis JAMMIT de datos de cáncer de ovario y de hígado extraídos de laboratorios de investigación privados y bases de datos públicas como The Cancer Genome Atlas TCGA, un archivo de datos del National Cancer Institute.predecir con precisión qué pacientes se beneficiarían más de la quimioterapia. Estas mismas firmas también sugieren que muchas de las pacientes con cáncer de ovario y de hígado estudiadas se beneficiarían de la combinación de quimioterapia con inmunoterapia.
Okimoto planea analizar los datos de docenas de cánceres más.
datos de TeamLiver
Los resultados del cáncer de hígado se basaron en parte en muestras de tejido recolectadas localmente por el grupo de trabajo de cáncer de hígado TeamLiver. TeamLiver incluye aproximadamente 15 investigadores y médicos del Centro de Cáncer y hospitales locales que conforman el Consorcio de Cáncer de Hawai'i que colaboran eninvestigación sobre el cáncer de hígado durante más de 4 años. Hawai'i tiene una de las tasas más altas de cáncer de hígado en la nación y la segunda tasa más alta de mortalidad por cáncer de hígado en los EE. UU.
Startup basado en tecnología JAMMIT
Okimoto y Thomas Wenska iniciaron SNR Analytics, Inc. La puesta en marcha se centra en asegurar la propiedad intelectual y la financiación para el desarrollo de una tubería computacional basada en el algoritmo JAMMIT para el descubrimiento de firmas genéticas predictivas para el cáncer y otras enfermedades complejas.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por Centro de cáncer de la Universidad de Hawái . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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