¡No es ningún secreto que nuestros genes son lo que nos hace ... nosotros! Pero los genes a menudo también son la base de enfermedades debilitantes. Una de las principales pistas para comprender cualquier enfermedad es ver qué genes actúan de manera inusual durante el inicio de la enfermedad. Pero esNo suele estar claro si la actividad genética inusual es exclusiva de la enfermedad en cuestión, o si es simplemente un síntoma más general de un cuerpo enfermo. Ahora, los científicos del Laboratorio Cold Spring Harbor CSHL han elaborado una lista clasificada de sospechosos habituales que podría resultar invaluablepara investigadores y médicos.
"Imagínese un psíquico", le pide al biólogo computacional Jesse Gillis de CSHL, quien trabajó en el estudio. "Cuando hacen una 'lectura en frío' para una audiencia, dicen 'alguien aquí se llama Dave o David' y así sucesivamente,¿Verdad? Hacen conjeturas que son muy probables ".
En ese momento, la audiencia no está pensando en la popularidad del nombre David, por lo que es emocionante que se haya señalado al espectador Dave.
Gillis y la investigadora postdoctoral Maggie Crow notaron que la trampa de pensar de esta manera puede ser problemática para los estudios que comparan la actividad genética de las células sanas con la de las células involucradas en la enfermedad, algo llamado "expresión diferencial".
Pensaron que si alguien predijo qué gen se identificaría durante una búsqueda de expresión diferencial, ese gen podría parecer asociado con la enfermedad, pero solo porque está asociado con casi cualquier enfermedad.
La pareja, junto con Paul Pavlidis de la Universidad de Columbia Británica, realizaron un análisis computacional de 635 conjuntos de datos en unas 27.000 muestras. Encontraron que hay genes como el nombre "Dave": es muy probable que se vean afectados por cualquierenfermedad que su apariencia no es sorprendente. Descubrir este efecto permitió al equipo identificar genes que probablemente sean únicos para condiciones específicas.
Los resultados, detallados en la revista PNAS , "no debería ser una gran sorpresa, pero cuantificarlos con precisión es valioso", dice Gillis. "El genio de Maggie en este trabajo fue hacer un túnel y decir que hay procesos biológicos que impulsan la variabilidad".
Crow señala los genes que impulsan la inflamación como un ejemplo de estos procesos biológicos. Esos genes son muy activos en pacientes con cáncer, pero también en otras afecciones, como el Alzheimer. Esta información, incluida en la lista de Gillis y Crow, proporciona un contexto para interpretarestos genes.
"Tenemos una lista clasificada e intentamos que sea extremadamente fácil de usar y desarrollar", agrega Crow.
La esperanza es que los nuevos datos ayuden a los investigadores a diseñar mejores experimentos, descubrir nuevos objetivos farmacológicos y desarrollar tratamientos para una amplia gama de enfermedades.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Laboratorio de Cold Spring Harbor . Original escrito por Brian Stallard. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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