La secuenciación de ARN es una técnica utilizada para analizar genomas completos al observar la expresión de sus genes. Hoy en día, estos análisis de expresión de todo el genoma son una herramienta estándar para los estudios genómicos porque se basan en tecnologías de alto rendimiento, que se han vuelto ampliamentedisponible.
Sin embargo, la secuenciación de ARN sigue siendo costosa y requiere mucho tiempo, ya que primero requiere la preparación costosa de una biblioteca genómica completa, el conjunto de ADN generado a partir del ARN de las células, mientras que los datos en sí también son difíciles de analizar.esto dificulta la ejecución de la secuenciación de ARN, lo que hace que su adopción no sea tan generalizada como podría ser
Han surgido algunos enfoques nuevos para ayudar, impulsados por la revolución en la transcriptómica unicelular, que utiliza lo que se conoce como "código de barras de muestra" o "multiplexación". Aquí, se agregan secuencias individuales de "código de barras" a cada fragmento de ADN durantepreparación de la biblioteca para que cada uno pueda identificarse y clasificarse antes del análisis de los datos finales, lo que significa que este enfoque solo requiere una única biblioteca que contenga múltiples muestras o celdas distintas.
El código de barras reduce tanto el costo como el tiempo, y esto podría extenderse a la secuenciación de ARN a granel de grandes conjuntos de muestras. Pero todavía hay problemas para adaptar y validar protocolos para la creación de perfiles confiables y baratos de muestras de ARN a granel, que es lo que estamosenfrentado al intentar analizar el transcriptoma de células o tejidos.
Ahora, los científicos del laboratorio de Bart Deplancke en el Instituto de Bioingeniería de EPFL han desarrollado un enfoque novedoso denominado Bulk RNA Barcoding y secuenciación BRB-seq que es 25 veces menos costoso que una tecnología de secuenciación de ARN comercial convencional TruSeq de Illumina.
Entre sus muchas ventajas, BRB-seq es rápido y conserva la especificidad de hebra, un desafío en el campo, que tiene que ver con la transcripción del ADN en la dirección correcta. Como tal, BRB-seq ofrece un enfoque de bajo costo para realizartranscriptómica en cientos de muestras de ARN, que pueden aumentar el número de repeticiones biológicas y, por lo tanto, la precisión experimental en una sola ejecución.
En términos de rendimiento, los científicos descubrieron que BRB-seq puede detectar la misma cantidad de genes que "el estándar de oro" en el campo, a saber, el ARNm trenzado TruSeq, a la misma profundidad de secuenciación y que la técnica produce datos confiables incluso conmuestras de ARN de baja calidad. Además, genera datos transcriptómicos de todo el genoma a un costo comparable al perfil de cuatro genes utilizando RT-qPCR, que actualmente es un método estándar, pero de bajo rendimiento para medir la expresión génica.
En una prueba, BRB-seq podría generar bibliotecas genómicas listas para secuenciar para hasta 192 muestras al día, lo que requiere solo dos horas de tiempo práctico. La técnica se combina con una tubería fácil de usar para el preprocesamientoy analizar datos de secuencia, permitiendo la adquisición de resultados en un solo día.
"Desde su lanzamiento, docenas de laboratorios y compañías ya nos han contactado para ayudarlos a implementar el enfoque BRB-seq", dice Bart Deplancke. "Debido al bajo costo de BRB-seq, estos investigadores se dieron cuenta de que ahora podían analizar muchos másmuestras con el mismo presupuesto, lo que aumenta enormemente el alcance y la reproducibilidad de sus experimentos. Por lo tanto, anticipamos que BRB-seq o un enfoque comparable a largo plazo se convertirá en estándar en cualquier laboratorio de biología molecular y reemplazará RT-qPCR como la primera expresión génicaopción de perfilado "
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Materiales proporcionados por Escuela Politécnica Federal de Lausana . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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