Científicos de la Escuela de Medicina Icahn en Mount Sinai han desarrollado y lanzado públicamente un nuevo software de análisis de datos que podría ayudar a los investigadores de genómica a identificar los impulsores genéticos de enfermedades con mayor eficiencia y precisión. Estas herramientas se publicaron recientemente en Biología Computacional PLoS y el 25 de noviembre en Informes científicos , una publicación de Nature.
MEGENA para Análisis de red de coexpresión de genes integrados en múltiples escalas proyecta datos de expresión génica en una esfera tridimensional, lo que permite a los científicos estudiar patrones de organización jerárquica en redes complejas que son características de enfermedades como el cáncer, la obesidad y el Alzheimer.Datos de The Cancer Genome Atlas TCGA, MEGENA identificaron nuevos objetivos reguladores en cánceres de mama y pulmón, superando a otros métodos de análisis de coexpresión.
La segunda herramienta, SuperExactTest, establece el primer marco teórico para evaluar la importancia estadística de las intersecciones de conjuntos múltiples y permite a los usuarios comparar conjuntos de datos muy grandes, como conjuntos de genes producidos a partir de estudios de asociación de genoma completo GWAS yanálisis de expresión diferencial. Los científicos ejecutaron SuperExactTest en datos TCGA y GWAS existentes, identificando un conjunto básico de genes del cáncer y detectando patrones relacionados entre enfermedades complejas. Ambas herramientas provienen del Laboratorio de Modelado de Redes Multiescala dirigido por Bin Zhang, PhD, Profesor Asociado en el Departamentode Genética y Ciencias Genómicas.
"Estas herramientas satisfacen necesidades importantes y no satisfechas en genómica", dijo el Dr. Zhang, autor principal de los dos artículos. "MEGENA ayudará a los científicos a desarrollar nuevas vías y objetivos clave en enfermedades complejas, mientras que SuperExactTest proporcionará una comprensión más claradel genoma comparando una gran cantidad de firmas de genes ".
"Nuestro equipo se dedica a crear herramientas de análisis de alto rendimiento y a compartir esos recursos con la comunidad genómica más amplia para ayudarnos a todos a generar los mejores resultados posibles", dijo Eric Schadt, PhD, Jean C. y James W. CrystalProfesor de Genómica en la Escuela de Medicina Icahn en Mount Sinai y Director Fundador del Instituto Icahn de Genómica y Biología Multiescala. "Estas nuevas herramientas demuestran soluciones pensadas y creativas a los desafíos computacionales que enfrentan los científicos de todo el mundo, y espero con ansiasviendo lo que la comunidad logrará con ellos ".
MEGENA y SuperExactTest están disponibles como paquetes R en el sitio web del Dr. Zhang y en CRAN la Red Integral de Archivos R, un repositorio de software de código abierto.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Hospital Mount Sinai / Escuela de Medicina Mount Sinai . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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