Utilizando una nueva estrategia computacional, los investigadores de UT Southwestern Medical Center han identificado 29 cambios genéticos que pueden contribuir al rabdomiosarcoma, un cáncer infantil agresivo. El grupo utilizó el análisis bayesiano, un método de inferencia estadística, junto con la detección mediante CRISPR / Cas9, la herramienta de edición de genes muy anunciada, para confirmar las predicciones estadísticas.
Su trabajo ayuda a explicar "el motor" que impulsa la formación del rabdomiosarcoma y sugiere tratamientos potenciales. Además, su método de investigación puede usarse para identificar los impulsores genéticos de otros cánceres.
Casi todos los genes se encuentran en las células como pares. Esta investigación se centró en genes para los que solo había una copia o para los que había tres o más copias.
"Se nos ocurrió la idea de que la expresión alterada de los genes clave del cáncer puede estar impulsada por las amplificaciones o pérdidas del número de copias genómicas. Luego, desarrollamos un nuevo algoritmo computacional llamado iExCN para predecir los genes del cáncer basados en el número de copias y el gen del genomadatos de expresión ", dijo el Dr. Stephen Skapek, Jefe de la División de Hematología-Oncología Pediátrica y del Centro Oncológico Integral Harold C. Simmons.
El trabajo también utilizó varias herramientas experimentales nuevas, incluida la tecnología de detección CRISPR / Cas9, para verificar la función de estos genes cancerosos predichos en el rabdomiosarcoma.
"El algoritmo iExCN se desarrolló en base a las estadísticas bayesianas, que es fundamentalmente diferente de las metodologías estadísticas de uso común, y generalmente proporciona una estimación más precisa de las asociaciones estadísticas, aunque implica un cálculo más complicado y un tiempo de procesamiento más largo", dijo el Dr. Lin Xu, Instructora en los Departamentos de Ciencias Clínicas y Pediatría y con el Centro de Investigación Biomédica Cuantitativa.
El rabdomiosarcoma, un cáncer del músculo esquelético en desarrollo, es el cáncer de tejido blando más común en los niños. Utilizando el algoritmo para analizar los datos genómicos de 290 tumores de rabdomiosarcoma, los investigadores identificaron 29 genes asociados, muchos de los cuales no se habían relacionado previamente con el rabdomiosarcoma.
El Dr. Yanbin Zheng, profesor asistente de pediatría, usó exámenes personalizados basados en CRISPR / Cas9 para verificar estas causas genéticas de rabdomiosarcoma predichas estadísticamente. "Entre los genes de rabdomiosarcoma validados, EZH2, CDK6 y RIPK2 son particularmente dignos de mayor investigación porqueya existen medicamentos que se dirigen a estos genes que están aprobados por la FDA o en ensayos clínicos ", dijo el Dr. Zheng.
El Dr. Skapek, que ocupa la Cátedra Distinguida en Investigación de Oncología Pediátrica, dijo que el grupo necesita verificar más el papel de los genes identificados con iExCN como causantes de cáncer, pero que la investigación es emocionante. "Estamos explorando nuevas estrategias paraterapias que se concentran en estos genes ", dijo." Lo que es más importante, nuestro estudio representa un enfoque general que se puede aplicar para identificar impulsores oncogénicos y genes supresores de tumores en otros tipos de cáncer para los que no hemos podido descubrir vulnerabilidades objetivo."
El estudio aparece en Informes de celda .
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Materiales proporcionado por UT Southwestern Medical Center . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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