Dicen que solo encuentra lo que está buscando, y eso se aplica tanto en genética de poblaciones como en la vida. Los estudios genéticos de poblaciones se basan en la calificación de la variación conocida y caracterizada en el ADN para descifrar la historia de diferentes poblaciones. Sin embargo,esta variación conocida puede no ser suficiente para dar una imagen resuelta adecuadamente en cada especie. En una investigación presentada en un número reciente de Aplicaciones en Ciencias de las plantas , el Dr. Juan Viruel y sus colegas utilizaron la secuenciación de próxima generación NGS para identificar variaciones adicionales en los marcadores de ADN del algarrobo, Ceratonia siliqua . Este estudio muestra que las tecnologías NGS cada vez más asequibles pueden revelar la historia de este importante árbol en una resolución más alta que la posible con los métodos tradicionales.
"El algarrobo ha sido descuidado por los estudios genéticos de la población a pesar de su importancia histórica y económica en las sociedades mediterráneas", dijo el Dr. Viruel, Líder de Investigación en Genética de Conservación en los Jardines Botánicos Reales, Kew, y el autor principal de este estudio.Los estudios genéticos de población, que analizan la variación genética en múltiples poblaciones de la misma especie, pueden revelar patrones de migración, aislamiento, divergencia y cruzamiento entre el espacio y el tiempo, así como otras preguntas sobre la historia de una especie.La estructura genética de la población del algarrobo es parte de un proyecto más amplio que, según el Dr. Viruel, "investigó la diversidad genética y la estructura de los algarrobos y su comunidad simbionte raíz para caracterizar la especificidad de las interacciones simbióticas a escala mediterránea."
Sin embargo, las especies difieren en la cantidad de variación genética presente en sus genomas, así como en qué tan bien caracterizada está esa variación. En particular, los "cuellos de botella" o períodos de tamaño de población muy pequeño, reducen la variabilidad genética y hacen que sea más difícilobtenga una resolución suficiente en los estudios genéticos de la población. "Para investigar la diversidad genética de una especie arbórea que experimentó un fuerte cuello de botella en el pasado, tuvimos que centrarnos en las regiones genómicas que tienen la tasa de evolución más rápida, es decir, microsatélites", dijo el Dr. Viruel.
Los marcadores de microsatélites, también conocidos como repeticiones de secuencias simples, a menudo se analizan debido a su rápida tasa de evolución y el consiguiente alto grado de variabilidad en las poblaciones, lo que ayuda a analizar la distribución de la variación genética. Por lo general, el método de puntuación se basa entamaño de la región amplificada, o "amplicón", un indicador del número de repeticiones presentes. Sin embargo, en casos de especies que experimentaron un fuerte cuello de botella, el número de repeticiones en microsatélites podría ser insuficiente para resolver las cuestiones genéticas de la población.
En tales casos, los autores muestran que el uso de un enfoque NGS para descubrir variaciones adicionales en microsatélites puede agudizar la resolución de cómo varía el ADN entre las poblaciones ". En nuestro estudio, encontramos fuentes adicionales de polimorfismo específicamente, polimorfismo de un solo nucleótido ypolimorfismos de inserción / deleción en el 87% de los loci analizados ", dijo el Dr. Viruel." Los estudios que tratan con una diversidad genética muy limitada ... podrían beneficiarse al incorporar información de secuencia ".
El costo de las tecnologías NGS utilizadas para descubrir esta variación adicional está disminuyendo rápidamente, por lo que es mucho más factible llevar a cabo este tipo de investigación ". Los costos de nuestro método basado en NGS para detectar polimorfismos en amplicones [microsatélites] es comparable alos costos de usar la puntuación de tamaño tradicional cuando se trabaja con una gran cantidad de muestras ", dijo el Dr. Viruel.
"Estoy entusiasmado con las preguntas que podemos responder con este enfoque", dijo el Dr. Viruel. "Hemos aumentado significativamente la variación detectada en las poblaciones de algarrobo en todo el Mediterráneo". La mayor resolución que ofrece esa variación adicional ya es"Hemos encontrado patrones filogeográficos muy interesantes que refutarán hipótesis anteriores sobre su origen en el Mediterráneo", dijo el Dr. Viruel. "Pero contaremos esa historia en el próximo artículo".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por Sociedad Botánica de América . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
Referencia del diario :
Cite esta página :