Nueva investigación publicada en Naturaleza ha demostrado cómo se puede establecer rápidamente la secuenciación del genoma para monitorear los brotes.
Los investigadores diseñaron un "laboratorio de secuenciación del genoma en una maleta", empleando un secuenciador de ADN novedoso, que transportaba el equipo en menos de 50 kg de equipaje de avión. Inicialmente se implementó en Conakry, Guinea en abril de 2015, donde se podían secuenciar muestras de pacientes con ébolatan pronto como se diagnosticaron nuevos casos. Esto redujo las demoras en el envío a los laboratorios de genoma tradicionales ubicados a menudo en un continente diferente. El equipo descubrió que podían generar información de secuenciación en tan solo 24 horas después de recibir una muestra, y que el proceso de secuenciación demoraba menos deuna hora.
La secuenciación del genoma en los brotes es útil para comprender cómo evoluciona el virus. Sin embargo, la información debe estar disponible rápidamente para que esta información oriente los esfuerzos de control. Al secuenciar 142 muestras de pacientes con ébola en Guinea, pudieron proporcionar información muy detalladasobre cómo se relacionaron los casos, proporcionando pistas importantes para los epidemiólogos de la Organización Mundial de la Salud que luchan para detener la transmisión del virus.
El coautor del estudio, el Dr. Nick Loman, del Instituto de Microbiología e Infección de la Universidad de Birmingham, explicó: "La información de secuenciación del genoma es valiosa para los investigadores y epidemiólogos durante una epidemia. Sin embargo, generar dicha información es un proceso laboriosoNormalmente se realiza en laboratorios bien equipados que utilizan hardware grande, delicado y costoso. Tener un sistema de secuenciación de ADN portátil abre la posibilidad de realizar la secuenciación del genoma del brote en tiempo real, lo que puede tener un impacto directo en la respuesta en el terreno, además de proporcionaruna gran cantidad de información sobre la evolución de los patógenos. De manera crucial, compartimos nuestros datos a medida que se generaban, aumentando enormemente su uso ".
El Dr. Jared Simpson del Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer, también coautor del estudio, dijo: "En este artículo hemos demostrado que podemos encontrar polimorfismos de un solo nucleótido SNP con resolución de genoma completo utilizando tecnología portátil. Si bien la secuenciación se ha limitado hasta ahora a un laboratorio, esto abre la investigación genómica a muchas más aplicaciones en todo el mundo. Esperamos aprovechar el trabajo realizado en este estudio y aplicarlo a otros campos, incluida la investigación del cáncer ".
El equipo empleó un secuenciador de ADN MinION liviano de Oxford Nanopore Technologies. Este dispositivo pesa menos de 100 g, funciona con el USB de una computadora portátil que actualmente está siendo utilizada por más de 1,000 investigadores en todo el mundo
El Dr. Loman trabajó con un equipo interdisciplinario con base en tres continentes, incluidos los Laboratorios Móviles Europeos, el Instituto de Salud Pública de Inglaterra y el Instituto de Ontario para la Investigación del Cáncer. Los investigadores trabajaron con otros laboratorios de diagnóstico y epidemiólogos de la OMS con sede en Guinea.
El brote de ébola en África occidental fue la aparición más mortal de la enfermedad desde su descubrimiento en 1976. Desde que se registró el primer caso confirmado el 23 de marzo de 2014, más de 11.000 personas han muerto como resultado del virus.
La epidemia se declaró oficialmente terminada el 14 de enero de 2016. Sin embargo, pocas horas después, se confirmó un nuevo caso en Sierra Leona. Los casos nuevos, cuando se secuencian y se vinculan a una base de datos de secuencias anteriores, pueden proporcionar pistas importantes sobre suEl laboratorio de secuenciación, actualmente ubicado en Nongo, Guinea, continuará proporcionando información de vigilancia hasta que se declare oficialmente que el brote ha terminado.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Universidad de Birmingham . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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