Los sistemas modernos de espectrometría de masas permiten a los científicos determinar de forma rutinaria la composición cuantitativa de células o muestras de tejido. Sin embargo, diferentes paquetes de software de análisis a menudo producen resultados diferentes a partir de los mismos datos sin procesar. Un equipo internacional de investigadores dirigido por el profesor Stefan Tenzer de la Universidad de MainzMedical Center ha abordado ahora este problema. En el marco de una colaboración internacional con laboratorios líderes en todo el mundo, el equipo ha comparado y modificado varios paquetes de software de análisis para garantizar que las diferentes soluciones de software produzcan resultados consistentes. Una amplia gama de laboratorios en todo el mundo estánbeneficiarse de este trabajo, que permite a los investigadores analizar o comparar los resultados de los ensayos cuantitativos de proteómica de una manera estandarizada. Esto es crucial para detectar ciertas enfermedades orgánicas, como el cáncer, en una etapa temprana. Los resultados de Tenzer y su equipo ahorapublicado en la revista académica, Biotecnología de la naturaleza .
Cuando los médicos desean encontrar la causa de una enfermedad en particular, deben tomar muestras de células o fluidos corporales. Estas muestras luego se analizan mediante técnicas modernas de Ómica que permiten cuantificar de manera reproducible miles de proteínas en un gran número de muestras para identificar nuevosbiomarcadores para enfermedades. El análisis de estos conjuntos de datos altamente complejos depende fundamentalmente de paquetes de software especializados. Desafortunadamente, diferentes paquetes de software a veces ofrecen resultados divergentes a partir de los mismos datos sin procesar, lo que complica el análisis.
Este es exactamente el problema que el profesor Stefan Tenzer y su equipo del Instituto de Inmunología del Centro Médico Universitario de la Universidad Johannes Gutenberg de Mainz JGU se propusieron resolver. "Queríamos encontrar una manera de comparar muestras de manera óptima, inclusocuando un software de análisis diferente a veces produce resultados desviados ", explicó Tenzer. Para su último proyecto, utilizó dos muestras definidas con proporciones de constituyentes definidas con precisión. Los especialistas en bioinformática del equipo de Tenzer, el Dr. Pedro Navarro y el Dr. Jörg Kuharev, desarrollaron una pieza especializadade software, denominado LFQbench. Esto permitió al equipo estudiar en detalle las diferencias entre los distintos programas de análisis. "Utilizando LFQbench, pudimos demostrar que los resultados entregados por los distintos programas diferían significativamente", explicó Navarro. "Este hallazgo por sí solotiene un impacto significativo para la comunidad científica. Pero hemos llevado el proyecto un paso más allá: nuestra estrecha colaboración con los desarrolladores dellos programas individuales les permitieron modificar y mejorar sus paquetes de análisis para que ahora produzcan resultados altamente convergentes ", agregó Tenzer.Esto amplía el alcance de las aplicaciones de la técnica de espectrometría de masas conocida como proteómica cuantitativa.Un proteoma es la totalidad de proteínas expresadas por una célula."Esto significa que en el futuro, la espectrometría de masas podrá brindar aún más beneficios tanto en la investigación básica como en una potencial herramienta de diagnóstico", señaló Tenzer.
"Este desarrollo representa un gran avance para la proteómica cuantitativa basada en espectrometría de masas y hace que este método sea cada vez más importante como procedimiento estándar para su uso en el diagnóstico de diversos trastornos, como el cáncer o las alergias", enfatizó el director científico de la Universidad de Mainz.Medical Center, profesor Ulrich Förstermann. "Estoy particularmente orgulloso de que nuestros investigadores estén realizando investigación aplicada con un impacto tan significativo".
Los resultados pioneros se lograron bajo los auspicios de la plataforma tecnológica "Espectrometría de masas y proteómica cuantitativa" con sede en el Centro de investigación de inmunoterapia FZI de la Universidad Johannes Gutenberg de Mainz JGU. "Este éxito demuestra la necesidad de combinar diferentes áreasde experiencia en plataformas tecnológicas en el Centro Médico Universitario. Sin un apoyo central, hoy en día es casi imposible lograr logros de este tipo ", dijo el profesor Hansjörg Schild, director del Instituto de Inmunología y coordinador de la FZI durante muchos años.
En los últimos años, el profesor Stefan Tenzer y su equipo en Mainz han desarrollado varias mejoras en las técnicas utilizadas para la proteómica cuantitativa basada en espectrometría de masas. Estos métodos detectan y cuantifican de manera reproducible miles de proteínas en muestras de células, tejidos o fluidos corporales,y permitir a los investigadores identificar proteínas que se expresan diferencialmente. "Los años de trabajo dentro de la plataforma tecnológica, especialmente en proyectos conjuntos internacionales, han dado sus frutos en términos de este salto cuántico en la proteómica cuantitativa basada en espectrometría de masas", concluyó Tenzer.
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Materiales proporcionado por Universität Mainz . Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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