Liderando desde el anuncio previo del Centro de Análisis del Genoma TGAC de su nuevo ensamblaje del genoma del trigo harinero, el recurso histórico ahora está disponible públicamente para descargar en la base de datos Ensembl del Instituto Europeo de Bioinformática EMBL-EBI para un análisis completo.
Pre-sitio de las Plantas Ensembl http://pre.plants.ensembl.org/Triticum_aestivum/Info/Index ha emitido el primer lanzamiento del ensamblaje del genoma de Triticum aestivum cv.Primavera china, generada por TGAC.Este es el ensamblaje más completo y preciso del genoma del trigo harinero hasta la fecha con el 91 por ciento 98,974 genes del genoma total anotado y ensamblado, una longitud total de secuencia de 13.4 GB.
Las alineaciones de datos de RNA-seq de tres estudios diferentes en 18 muestras se han ubicado adicionalmente en el nuevo ensamblaje. Los datos del genoma del trigo se pueden buscar a través del identificador del gen en el cuadro de búsqueda de texto, o mediante la bioinformática BLAST Alineación local básicaHerramienta de búsqueda para comparar coincidencias de secuencia. Más anotaciones estarán disponibles progresivamente en los próximos meses.
El nuevo y mejorado conjunto de trigo ayudará a los mejoradores de trigo a acelerar sus programas de mejora de cultivos y a los investigadores a descubrir genes para rasgos clave como el rendimiento, el uso de nutrientes y la calidad de la fabricación de pan. Como el trigo es uno de los cultivos más vitales del mundo, la nueva genómicalos recursos ayudarán a asegurar el suministro de alimentos en el futuro. Los datos publicados serán un nuevo recurso para los investigadores y mejoradores de trigo que se basan en los principios fundacionales de colaboración de la Iniciativa del Trigo a través del intercambio de datos para ayudar a abordar el gran desafío mundial de alimentar a una población de casi 10 mil millones para 2050.
El conjunto de datos completo, con genes identificados, está disponible públicamente en la base de datos Ensembl de EMBL-EBI. Este es un hito clave en el proyecto de investigación financiado por BBSRC "Triticeae Genomics for Sustainable Agriculture" en colaboración con TGAC, JIC, EMBL-EBI yRothamsted Research. Los datos también están disponibles para búsquedas de secuencia BLAST en la plataforma Grassroots Genomics de TGAC.
En el lanzamiento del conjunto completo de datos del genoma del trigo, la profesora líder del proyecto, Federica Di Palma, directora de ciencias de TGAC, dijo: "Este es un logro notable que ejemplifica el tipo de ciencia que el personal capacitado y multidisciplinario de TGAC puede ofrecer.
Mike Bevan, del Centro John Innes Co-Investigador Principal, agregó: "Este nuevo ensamblaje del genoma permite nuevos tipos de investigación en trigo porque tiene información precisa de largo alcance sobre la ubicación de genes y repeticiones en elgenoma complejo. Nuestro objetivo es facilitar el trabajo de los investigadores de todo el mundo mediante el lanzamiento de las asambleas en una etapa temprana ".
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por El Centro de Análisis del Genoma . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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