SourceData de EMBO es una plataforma abierta galardonada que permite a los investigadores y editores compartir cifras y sus datos subyacentes en un formato de búsqueda legible por máquina, haciendo que los trabajos de investigación sean reconocibles en función de su contenido de datos. Métodos de la naturaleza Liechti et al., 2017, SourceData ofrece un método novedoso para describir datos de investigación y un conjunto de herramientas para generar, validar y usar esta información, proporcionando a los científicos un método eficiente para encontrar y reutilizar los resultados publicados.
"En las ciencias biológicas, la mayoría de los datos producidos por los investigadores se publican en forma de figuras. Las figuras son el corazón de un artículo científico. Sin embargo, las herramientas de búsqueda utilizadas para encontrar artículos publicados generalmente se limitan al texto basado en palabras clavebúsquedas que excluyen el contenido de las figuras ", explica el líder del proyecto SourceData, Thomas Lemberger, de EMBO. Esto puede ocasionar que se pierdan datos relevantes de los resultados de búsqueda debido a la falta de un método consistente para representar figuras en una forma de búsqueda.
Con SourceData, se genera una descripción legible por máquina de cada figura y se almacena en una base de datos estructurada. Las entidades biológicas representadas en la figura, como genes, proteínas o moléculas, están vinculadas a taxonomías estandarizadas para evitar nombrar ambigüedades. Esto significaque cada aparición de una determinada entidad biológica en una figura o conjunto de resultados se puede encontrar rápidamente dentro de la base de datos SourceData. SourceData también almacena la dirección de la relación entre entidades: si fueron manipuladas u observadas, permitiendo búsquedas muy específicas basadas en el diseño experimental.
Robin Liechti, coautor del artículo del Instituto Suizo de Bioinformática SIB de SIB, explica que "SourceData vincula las cifras con otras figuras relacionadas en documentos y revistas para crear un gráfico de conocimiento de búsqueda, que es controlado por expertos curadores.los artículos científicos pueden usar esto para encontrar los datos que necesitan de una manera mucho más eficiente "
SourceData proporciona un conjunto de aplicaciones que incluye SmartFigures: cifras mejoradas que contienen enlaces a resultados y datos relacionados que pueden integrarse en publicaciones en línea, DataSearch: un motor de búsqueda que encuentra cifras publicadas en función de su contenido de datos y MetaFig: una interfaz de curación queofrece importación asistida por computadora de nuevas figuras al formato SourceData
La plataforma SourceData se encuentra actualmente en desarrollo activo, con EMBO y SIB comprometiéndose con editoriales académicas para establecer un estándar abierto y efectivo para el descubrimiento y la reutilización de cifras y datos.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionados por EMBO . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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