La agricultura tiene una influencia considerable en la distribución y prevalencia de virus de plantas en el medio ambiente. En áreas cultivadas, las infecciones virales son significativamente más frecuentes que en áreas naturales. Esta es la conclusión de un estudio realizado por un equipo de científicos internacionales enCamargue Francia y en las regiones del Cabo Occidental Sudáfrica, cuyos resultados se publicaron en enero en The Revista ISME . "La agrupación y concentración de organismos genéticamente similares, como con las variedades de cultivos, las epidemias de combustible", explica Philippe Roumagnac, investigador en virología de plantas en CIRAD. Este estudio también indica que el "compartimento natural", que todavía está en gran parte inexploradoen términos de la biodiversidad de los microorganismos, contiene una gran cantidad de virus. "Las áreas adyacentes a las tierras agrícolas podrían permitirnos comprender mejor la aparición de enfermedades de las plantas", dice.
Explorando la diversidad de virus de plantas y entendiendo su aparición
Aunque el 50% de las enfermedades de las plantas emergentes son virales, todavía falta mucho conocimiento de la diversidad de los virus de las plantas. Oficialmente, hasta la fecha, se han caracterizado y asignado taxonómicamente alrededor de 1 400 especies de virus de las plantas. Esta cifra es probablemente muy inferior a laLa verdadera diversidad de los virus vegetales, como lo demuestran las exploraciones recientes de los ecosistemas terrestres y marinos. Además, este recuento está indudablemente distorsionado en dos niveles. Primero, la descripción de los virus se ha realizado casi exclusivamente en base a un número muy pequeño de especies de plantas cultivadas yEn segundo lugar, la mayoría de los virus solo se caracterizaron por la aparición de síntomas en sus huéspedes. "Nuestro conocimiento del mundo de los virus vegetales, por lo tanto, sigue siendo extremadamente parcial en términos de diversidad, pero también en términos de distribución a nivel de agroecosistemas".dice Denis Filloux, investigador en virología de plantas en CIRAD. "Esta falta de conocimiento es un obstáculo para nuestra comprensión del funcionamiento global deagroecosistemas, y para la definición y cuantificación de factores de riesgo en la aparición de nuevas enfermedades virales de plantas o el diseño de estrategias para abordar estas enfermedades ".La mayoría de los virus que quedan por identificar se encuentran en áreas con poca actividad humana.
Una colaboración entre Francia y Sudáfrica en el marco de la financiación europea
Esta investigación, inicialmente financiada por el CIRAD, la Fundación para la Investigación sobre la Biodiversidad FRB - Fundación para la Investigación sobre la Biodiversidad, el metaprograma INRA Meta-omics and Microbial Ecosystems y la Dirección General de Armamentos de Francia, adquirió un internacionaldimensión gracias a la financiación de la Unión Europea y una subvención Marie Curie. El trabajo de muestreo y análisis de datos de secuencia de alto rendimiento se logró a través de una asociación con la Universidad de Ciudad del Cabo.
Nuevos enfoques de metagenómica viral
Para lograr este resultado, el equipo de científicos internacionales adoptó un nuevo enfoque de metagenómica viral. "La metagenómica es un método que lleva a cabo una secuenciación de alto rendimiento en todos los genomas de los microbios que pueblan un entorno determinado", explica Philippe Roumagnac. "Nos permite, por ejemplo, para acceder al viroma, en otras palabras, todas las secuencias virales contenidas en un organismo huésped o en una muestra que contiene varios huéspedes potenciales ". Desde 2009, ha surgido una nueva generación de investigación metagenómica en patología vegetal, lo que hace posibleno solo para analizar el genoma general de un ecosistema u organismo, sino también para vincular directamente secuencias de agentes patógenos con su huésped y / o una posición geográfica. Esta investigación original en metagenómica espacial ha revolucionado nuestra visión de la distribución de virus de plantas al revelar quemuchas de las plantas analizadas estaban infectadas por virus.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Cirad . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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