Un equipo internacional de investigadores desarrolló un método que identifica hasta el doble de proteínas y péptidos en los datos de espectrometría de masas que los enfoques convencionales. El método se puede aplicar a una variedad de campos, incluidos los entornos clínicos y la investigación de biología fundamental para el cáncer y otrosLa clave para el rendimiento mejorado del nuevo método es su capacidad de comparar datos con las llamadas bibliotecas espectrales, esencialmente un ejercicio de coincidencia de patrones, en lugar de espectros individuales o una base de datos de secuencias.
El equipo describe sus resultados en la edición del 9 de noviembre de Métodos de la naturaleza . "Puede integrar nuestro método con las tuberías existentes para aumentar el rendimiento hasta tres o cuatro veces", dijo Nuno Bandeira, profesor de la Escuela de Ingeniería de Jacobs y la Escuela de Farmacia Skaggs de la Universidad de California en San Diego.autor principal del estudio.
El avance es particularmente importante porque muchos equipos de investigación ahora están cambiando a un enfoque conocido como adquisición independiente de datos, que captura una gran cantidad de datos sin procesar en lugar de ejecutar análisis de datos en algunos elementos al azar, seleccionados de una distribución basada enintensidades de péptidos. La cantidad de datos recopilados ha creado un cuello de botella para las herramientas informáticas existentes. "Necesitábamos un nuevo método de análisis de datos", dijo Bandeira.
El grupo de investigación de Bandeira se enfoca en construir algoritmos de red espectral, que analizan pares de espectros de péptidos superpuestos producidos durante los experimentos de espectrometría de masas. Los espectros se producen cuando una enzima digiere las proteínas, descomponiéndolas en subcomponentes, incluidos los péptidos. Los algoritmos detectan patrones quelas parejas tienen en común y luego buscan estos patrones en otros espectros. Esto acelera considerablemente el proceso de identificación de péptidos y, por extensión, de proteínas.
Los métodos tradicionales comparan espectros con bases de datos o con espectros que ya se han identificado.
en el Métodos de la naturaleza estudio, los investigadores demostraron que podían identificar el doble de péptidos en muestras humanas en comparación con los métodos tradicionales. También observaron un 40 por ciento más de interacciones proteína sobre proteína. "Los resultados son más estables y más fáciles de reproducir" cuandoen comparación con los métodos tradicionales, dijo Bandeira.
Los siguientes pasos incluyen acelerar el proceso, que lleva aproximadamente el doble de tiempo que los métodos tradicionales. El método también tendrá que ajustarse para la próxima generación de espectrómetros de masas.
"También queremos comenzar a ver cómo podemos capitalizar esto para analizar una cohorte de datos completa", dijo Bandeira.
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Materiales proporcionado por Universidad de California - San Diego . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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