El tipo de bacteria en el intestino puede ayudar a diagnosticar el cáncer colorrectal. Investigadores del Baylor College of Medicine y otras instituciones han identificado tipos específicos de bacterias que parecen ser abundantes en personas con cáncer colorrectal. Utilizando una combinación de marcadores específicos para estas hecesmicrobios, los científicos anticipan que potencialmente se puede desarrollar una prueba diagnóstica clínica no invasiva y sensible. El estudio se publica en tripa .
El cáncer colorrectal es la segunda causa principal de muerte por cáncer en los Estados Unidos. Las personas diagnosticadas temprano tienen un 90 por ciento de posibilidades de supervivencia; sin embargo, más del 30 por ciento de las personas de 50 años o más, el grupo de alto riesgo, indican que nunca se han realizado pruebas de detección de la enfermedad. Actualmente, los métodos de detección recomendados incluyen un procedimiento invasivo colonoscopia y pruebas no invasivas, como análisis de sangre oculta en heces en el hogar y Cologuard para detectar marcadores de ADN del cáncer colorrectal y sangre en las hecesCada uno de estos métodos tiene sus defectos, por lo que para satisfacer la necesidad de una prueba de diagnóstico sensible y no invasiva para el cáncer colorrectal, el equipo de investigadores analizó los microbios intestinales como indicadores de la enfermedad.
"Varios estudios han demostrado una asociación entre los microbios fecales y el cáncer colorrectal; sin embargo, hay un acuerdo limitado sobre los tipos de microbios reportados", dijo el primer autor, el Dr. Manasi Shah, estudiante de posgrado en la Universidad de TexasEscuela de Salud Pública durante el curso de este proyecto. "Estaba interesado en encontrar un marcador microbiano para la enfermedad. Una forma de hacerlo es realizar un estudio de una sola institución, pero esto lleva mucho tiempo para la recolección de muestras, implicasecuenciar el ADN de los microbios y es costoso. Noté que algunos de los estudios publicados proporcionaron los medios para acceder a los datos de secuenciación de ADN microbiano sin procesar de las muestras. Pensé que sería genial si pudiera aprovechar los datos sin procesar existentes en múltiplescohorta y crea un marcador generalizable para la enfermedad ". Shah se dio cuenta de que para adoptar este enfoque, además de su entrenamiento bioestadístico, necesitaría aprender las herramientas bioinformáticas necesarias para analizar el nex.Datos de secuenciación de generación t.Se acercó a la autora principal, la Dra. Emily Hollister, profesora asistente de patología en el Baylor and Texas Children's Hospital y directora de ecología microbiana para el Texas Children's Microbiome Center, propuso su idea y expresó interés en aprender las herramientas necesarias para reprocesar los datos de la secuencia microbiana de su originalformato.
"Manasi tenía interés y nosotros teníamos la experiencia", dijo Hollister. "En nuestro centro, habíamos planeado comparar una serie de diferentes herramientas estadísticas para analizar grandes cantidades de datos de microbioma. La propuesta de Manasi encaja muy bien con nuestrometas."
Los investigadores volvieron a analizar los datos de la secuencia de ADN bacteriano sin procesar de varios estudios y confirmaron los tipos de bacterias reportados previamente asociados con el cáncer colorrectal e identificaron otras bacterias no asociadas previamente con la enfermedad.
Más fácil decirlo que hacerlo
"En nuestra experiencia, recopilar los datos brutos de los estudios publicados fue una tarea difícil", dijo Shah. "Algunos estudios compartieron todas las secuencias de ADN microbiano asociadas a la muestra y datos clínicos, otros solo compartieron datos parciales o no compartieron ningunodatos. Después de mucho esfuerzo, pude recopilar datos de nueve de los 12 estudios publicados. Esto pone de relieve la necesidad de una iniciativa para alentar a los investigadores a compartir sus datos tras la publicación, lo que ayudará a una mayor difusión y reproducibilidad en el campo ".
Los investigadores también tuvieron que superar las dificultades planteadas por la diversidad de enfoques tecnológicos utilizados por diferentes laboratorios que analizan las muestras.
"Este fue un estudio multinacional increíblemente grande y complejo", dijo el coautor Todd DeSantis, cofundador y vicepresidente de informática de Second Genome Inc. "Vimos muchas diferencias entre los centros médicos en la forma en que se recolectan y almacenan las hecesmuestras y en los métodos utilizados para procesar el ADN bacteriano en las heces. Estas diferencias pueden ser problemáticas para identificar las cepas bacterianas que proliferan en pacientes con cáncer, pero nuestro equipo KnowlegeBase del segundo genoma, dirigido por el coautor Thomas Weinmaier, encontró formas de mejorar nuestraplataforma de software para abordar estas diferencias en el camino. Los hallazgos que surgieron de este desafiante conjunto de datos ayudaron a validar nuestra plataforma, y en el proceso pudimos ofrecer información de alta calidad para avanzar en nuestra colaboración con el Dr. Hollister ".
Después de volver a analizar grandes cantidades de datos de secuencia de ADN bacteriano sin procesar de varios estudios utilizando de manera uniforme una variedad de herramientas estadísticas, los científicos confirmaron los tipos de bacterias reportados previamente asociados con el cáncer colorrectal e identificaron otras bacterias no asociadas previamente con la enfermedad.
"El hecho de que incluso cuando combinamos varios estudios diferentes pudiéramos clasificar correctamente una muestra como un caso o control de cáncer colorrectal con una precisión del 80 por ciento basada únicamente en la abundancia microbiana fue muy alentador", dijo Shah. "Este es un primer paso prometedor".para desarrollar una prueba no invasiva que pueda usarse en la detección de cáncer colorrectal, complementando la colonoscopia o análisis de sangre oculta en heces ", dijo Hollister.
"La misma estrategia podría aplicarse para desarrollar pruebas de diagnóstico o terapias para otras enfermedades como la enfermedad inflamatoria intestinal, la esteatohepatitis no alcohólica una forma de enfermedad del hígado graso no alcohólico, la diabetes tipo 2 y la enfermedad de Alzheimer, entre otras para las cualesEl microbioma se está investigando actualmente ", dijo Shah.
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Materiales proporcionado por Baylor College of Medicine . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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