Combinando genómica unicelular y técnicas computacionales, un equipo de investigación que incluye a Paul Robson, Ph.D., director de biología unicelular del Laboratorio Jackson JAX, ha definido la composición de tipo celular de las células cancerosas de 11 tumores colorrectales, así como las células no cancerosas adyacentes, una clave para un diagnóstico y tratamiento más específicos.
"Uso de firmas unicelulares", dice la científica investigadora de JAX Elise Courtois, Ph.D., coautora principal de un estudio publicado en Genética de la naturaleza , "los cánceres colorrectales se pueden dividir en subgrupos según la composición del tipo de células de los tumores. Debido a que cada uno de estos subgrupos tiene una probabilidad de supervivencia diferente, nuestro enfoque puede proporcionar a los oncólogos mejor información sobre el pronóstico y las opciones de tratamiento".
Los avances en la secuenciación genómica tumoral han mejorado la clasificación de los subtipos tumorales, guiando tratamientos de cáncer más precisos y mejorando la supervivencia del paciente. Sin embargo, los tumores generalmente contienen una variedad de células cancerosas y no cancerosas que contribuyen a la biología del tumor.
Hasta la fecha, la expresión génica en tales tumores se ha perfilado utilizando métodos de transcriptoma en masa, lo que proporciona una única medida de transcriptoma para lo que, en esencia, representa muchos tipos de células. Al emplear tecnología transcriptómica unicelular, ahora es posible deconstruir un tumor ensus componentes de tipo celular y, por lo tanto, obtener una mejor comprensión de la biología subyacente.
Robson y los coautores principales Shyam Prabhakar, biólogo computacional del Instituto Genoma de Singapur, e Iain Beehuat Tan, oncólogo médico del Centro Nacional del Cáncer de Singapur, lideraron un esfuerzo que examinó 626 células individuales seleccionadas al azar de los tumores colorrectalesy muestras de células normales adyacentes mediante secuenciación de ARN unicelular.
Al examinar computacionalmente el transcriptoma de cada célula la lectura de todas las moléculas de ARN mensajero en esa célula utilizando su nuevo algoritmo, los investigadores identificaron dos subtipos distintos de fibroblastos asociados al cáncer CAF. Estos CAF contribuyeron significativamente a la expresión del gen mesenquimal encontradoen datos masivos del transcriptoma tumoral, una firma que se asocia más a menudo con un proceso de células cancerosas conocido como transición epitelial-mesenquimal. Sus datos demuestran que los CAF contribuyen a un peor pronóstico en pacientes con cáncer colorrectal.
Estos hallazgos, señala Robson, son prometedores para una clasificación aún más refinada de los tumores colorrectales y de otro tipo en el futuro ". Y a medida que el costo del análisis transcriptómico de una sola célula continúa bajando, los oncólogos pueden acceder a mejores perfiles tumorales para guiar el tratamiento depacientes con cáncer ", dice.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por Laboratorio Jackson . Original escrito por Joyce Dall'Acqua Peterson. Nota: el contenido se puede editar por estilo y longitud.
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